黃頭廟龜是大體型的龜，稚龜與成龜的差別較大，稚龜的背甲尾端有鋸齒形狀的分布，成龜逐漸消失，黃頭廟龜背甲黑色，頭部散落著黃色的斑點，比較容易辨認。

　　黃頭廟龜的體形尺寸最多可達50多厘米長，最大體重可以超過二十公斤，頭部散布著黃色的小雜斑點，眼眶黑色有黃色碎斑點，上頜中央呈“W”型，且具有細小的鋸齒。頭側部無明顯縱條紋。背甲隆起較高呈黑色，腹甲黑色到黃黑交雜，個別為淡黃色，四肢灰褐色，指趾間具蹼，尾適中。

　　廟龜頭部為黑色，側面及眼眶處有不規則的黃色橫向條紋。背甲為黑色，龜龜整體呈橢圓形，幼體后緣略呈鋸齒狀，隨著年齡的增長逐漸鈍圓化。腹甲前緣平切，后緣缺刻。四肢為灰褐色，指(趾)間具蹼，有較強的游泳能力。尾部為肉灰色，長短適中。頭較小，頂部呈黑色。

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